学術研究船白鳳丸、新青丸に乗船し、共通観測機器の運用および取扱い指導などの観測支援を行っています。 また、海洋観測に関する、より広範囲の観測支援を目指しています。陸上においては共通機器および観測機器棟の保守管理や機器の開発改良などを行っています。また運航計画、ドック工事、共通機器の選定・購入・修理など、航海実施に関する様々な活動に携わっています。さらに、学術研究船等の円滑な共同利用航海を推進するために、共同利用者である所内外の研究者、学術研究船を本所と共同で運航する海洋研究開発機構(JAMSTEC)や関係省庁、漁業組合などの所外組織の間の連絡と調整を行います。